در کودکی با راهنمایی پدرش با دنیای موسیقی آشنا شد.از چهارده سالگی فراگیری پیانو را نزد ماری یوسف شروع کرد.
در سال ۱۳۶۶ وارد هنرستان موسیقی شد.در این دوره آهنگسازی را با ساخت دونِتی برای هُرن شروع کرد و در سال ۱۳۷۰ با ساز تخصصی فرنچ هُرن زیر نظر شریف لطفی فارغ التحصیل شد.مشایخی در سال ۲۰۰۱ " آنسامبل وین ۲۰۰۱ و کاپلا کوندورتا و همکاری با هنرمندانی چون هانا شیکولا را آغاز کرد.
همسر وی گیسلا مشایخی بییر(GISELA MASHA YEKHI_BEER) نیز نوازنده فلوت است. از دیگر فعالیت های این آهنگساز شرکت در جشنواره های موسیقی در اروپا،آمریکا و آسیا،رهبری ارکستر سمفونیک تهران و اجرای کنسرت بااین ارکستر در اتریش( دو بار) و آلمان، تدریس در دانشگاه تهران،دانشکده ی موسیقی دانشگاه هنر،دانشکده صدا و سیما،کنسرواتوار تهران و دانشگاه جامع علمی کاربردی اشاره کرد. وی پس از آنکه علی رهبری ارکستر سمفونیک تهران را در تابستان ۱۳۸۴ رها کرد. رهبری این ارکستر را عهده دار شد و چندی بعد در کنسرتی با حضور سفیر جمهوری اسلامی در برلین، ارکستر را در جشنواره ی ازنابروک(آلمان) رهبری کرد.
مشایخی، پس از اینکه از رهبری ارکستر سمفونیک تهران در سال ۱۳۸۶ کناره گیری کرد.منوچهر صحبایی رهبری ارکستر سمفونیک تهران را عهده دار شد،به شکل دهی ارکستر مجلسی و فیلارمونیک تهران پرداخت.فرانک شفر،فیلمساز هلندی،فیلمی هستند از زندگی نادر مشایخی ساخته است. درسال ۱۳۸۵ در فستیوال موسیقی وینیکی از معتبرترین فستیوال های موسیقیاز نادر مشایخی تقدیر شد.
در این مراسم که با نمایش اجرای دو اثر از جان کیح(قطعه ۴و۷) در تهران و اثری از مشایخی با عنوان "استخوان ایشانگو" در قالب فیلم مستند شفر همراه بود.
مشایخی در ماه های پایانی سال ۱۳۹۰ خورشیدی به تهران بازگشت و در اردیبهشت سال ۱۳۹۱ ،آثاری از (جان کیح) را با دانشجویان موسیقی در "شهر کتاب ابن سینا" اجرا کرد که میتوان آن را آغاز مجدد اجراهای منحصر به فرد "کیح" توسط او در تهران دانست. نادر مشایخی از سال ۱۳۹۳ به عنوان رهبر ارکستر شهر تهران برگزیده شده و به اجرای کنسرت های متعدد پرداخت وی از سال ۹۲ تا به حال به تدریس رهبری ارکستر و آهنگسازی و تاریخ موسیقی مشغول است.مشایخی همچنین از سال ۱۳۹۵ خورشیدی رهبری اینتر_ارکستر تهران و از سال ۱۳۹۶ خورشیدی رهبری ارکستر مجلسی همدان را برعهده دارد.
در میان تجربه های مشایخی در زمینه آهنگسازی میتوان به ساخت ۹۶ قطعه برای سُلو، موسیقی مجلسی، موسیقی ارکستری و اپرا، ساخت سمفونی فیه ما فیه(سه اثر)، اپرای ملکوت،قطعه ی ارکستری پشیمانی کنتیمنتو،مجموعه تولدی دیگر( روی ترجمه آلمانی اشعار فروغ فرخزاد)، اجرای پروژه های موسیقی تلفیقی اصیل ایرانی در همکاری با هنرمندانی چون حسین علیزاده و هوشنگ ظریف( فستیوال سالزبورک) و ساخت سمفونی مولانا برای صدا و سیما اشاره کرد.
وی همچنین در پی کشف کیفیت موسیقایی متفاوتی در کارهای عالیم قاسمف، آثاری را بااین هنرمند آذری و دخترش "فرغانه قاسمف" اجرا کرده است.